Organi Fonda za inovacionu delatnost su Upravni odbor, Direktor i Nadzorni odbor.
Direktora Fonda, imenuje Vlada Republike Srbije na predlog ministra nadležnog za naučnoistraživačku delatnost i tehnološki razvoj, a po pribavljenom mišljenju Upravnog odbora.
Od početka operativnog poslovanja 2011. godine, dužnost direktora Fonda za inovacionu delatnost su obavljali:
- Od 3. februara 2011. godine do 22. maja 2014. godine – dr Ljiljana Kundaković, v.d. direktora
- Od 22. maja 2014. godine do 28. novembra 2015. godine – Marko Atanasovski, v.d. direktora
- Od 28. novembra 2015. godine do danas – dr Ivan Rakonjac, direktor